警告，這篇是全破後的故事簡介，所以沒破之前請不要看。
（為了防止您不小心看到後面的部分，所以都請自己翻捲頁面）
全破之後可以到各地晃晃，想要進行最終事件的話就走到城東區的艾迪爾商場旁邊的小公園。
依照兩人之前的約定，一切結束之後艾絲緹兒要向約書亞說出自己內心的苦惱，其實也就是要向約書亞告白，但是艾絲緹兒臨時怯場，所以急流勇退先藉口跑去買冰淇淋，留下約書亞一個人在公園內。
但是這個時候亞柏教授出現，約書亞對亞柏教授露出了警戒的眼神，似乎是想起了什麼，約書亞說從第一次遇到他的時候就覺得怪怪的身體不大舒服。而接著在各地遇到他的時候剛好都發生了事件，時間太恰巧了。而讓約書亞確認教授和一切有關係的關鍵，在於競技場的最終的時候，看台上的庫茲(庫茲就是那個綠頭髮的遊擊士，把黑色導力器偷出來的那個人。)感到身體不舒服的時候，剛好亞柏教授也在看台上面的觀戰。
這個時候亞柏教授卻突然一反平常溫和的感覺，露出了相當變態...的表情，他把約書亞的記憶操作給解開，約書亞想起了之前的一切。而依照教授說的，給現在約書亞"靈魂"的就是他。
約書亞也想起了亞柏教授到底是誰，就是可以扭曲和修改對方記憶的蛇之使徒的一人─白面的威斯曼(ワイスマン)。威斯曼則是稱呼約書亞為執行者XIII─漆黑之牙的約書亞＝阿斯特雷。
威斯曼說羅蘭斯在這次也是被他控制的人物，但是並沒有洗去他的記憶。威斯曼說到此已經完成了計劃的第一階段，也就是破除守護輝之環的門，這時候相當離奇的是，威斯曼居然說約書亞已經自由了，並且感謝他這五年來的貢獻。
約書亞當場傻眼，心中想著到底自己作了什麼，為什麼這個人要感謝自己。而這時候威斯曼卻說出了最驚人的話語─就是把他送去和卡席伍斯對戰，本來就是要他打輸並且讓卡席伍斯帶走。結社的真正目的，其實就是要約書亞去定期報告卡席伍斯的動向。所以，約書亞在不自知的情況下，變成這次的計劃的協力者。因為卡席伍斯太過厲害，所以會變成組織辦事的障礙，所以需要有人去了解他的性格，並且以此作分析把他引誘到國外去─當然這個人就是約書亞。沒有想到一切都是在組織的操控之下，並且自己也是一切幫兇的約書亞已經接近崩潰，而無情的威斯曼又給他最後的一擊。
威斯曼說布萊特家如此的正常，對你這種怪物來說實在是太過炫目，真正的你，應該是為了任務而生的殺人兵器─漆黑之牙。這樣的你，和人交往是不可能的，也絕對不可能得到幸福。
之後教授留下崩潰掉的約書亞，獨自離開。
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晚餐過後，艾絲緹兒終於決定要告白了，於是前往空中花園去找約書亞。這時候約書亞終於開始對艾絲緹兒說出自己的過去。
很久很久以前有個性格上是很愛撒嬌又很文弱溫吞，沒有什麼優點的男孩子。某天因為某個緣故所以內心崩壞掉了，對於外界的事情沒有反應，所以每天只會空虛地吹著他的口琴。
一天，有個魔法師來說他們可以修復他的內心，但是要付出代價。所以約書亞就被交到了他們的手上，小男孩被依照魔法師的喜好作出了他的"心"。而小男孩得到新的"心"的時候，所付出的代價就是自己被變成了一個冷血的殺人機器。
之後的兩年間小男孩不斷的殺人，在各地製造恐怖行動，甚至連數十人的部隊都被他殲滅。而組織派給小男孩的最後一個任務是去"暗殺"一個叫做卡席伍斯的人。小男孩當然不是傳說中的卡席伍斯的對手，任務失敗的約書亞因為被卡席伍斯知道臉，他還險些要被組織要除掉，但是拯救他的人卻是他要暗殺的卡席伍斯，並且把小男孩給帶了回家去。
而小男孩在布萊特家遇到了和太陽一樣的小女孩，之後過了如同夢一般美好的五年，但是夢終究有醒來的時刻...。
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約書亞說自己永遠無法得到救贖，所在之處只有黑暗，就是這樣一個骯髒的存在。所以他決定要開始旅行，不能夠讓所愛的人們再捲入其中，他要去除掉那個邪惡的魔法師。這時候約書亞把口琴交給了艾絲緹兒，並且說這是他最後的證明─證明他還曾經有過人性。而這個東西已經不需要了，所以就送給艾絲緹兒，當作這五年來的紀念。
艾絲緹兒說這五年來並不是夢，而且你的心也並沒有壞掉，不准就這樣放著她一人離去。但是約書亞卻突然上前吻了艾絲緹兒，並且藉機給她灌了安眠藥。約書亞離去之際最後說的話非常地值得玩味─
"艾絲緹兒妳對我來說就像是太陽一樣"
"和妳在一起是如此的幸福但是同時也非常地辛苦，因為越是明亮的光會作出越大的黑影"
"而不和妳相處，我也不知道自己為人忌惡的不祥的本性。"
"認識妳並且和妳在一起，真的是太好了..."
"從一開始遇見妳，我就很喜歡妳..."
"再見，艾絲緹兒"
接著就是接上主題曲，主題曲"星の在り処"的內容其實就是艾絲緹兒聽到這一切之後，心裡面所想要告訴約書亞的話。並且，艾絲緹兒決定─一定要親自把約書亞帶回來，因此開始展開另外一段漫長的旅程...。
<< 空之軌跡序章，完 >>