前作"伊蘇五─砂之都凱芬"發賣之後八年，終於續作み伊蘇六~納皮施汀之匣~登場。
這次的舞台是在五代三年之後的故事，亞特魯也長成23歲的青年。本回的舞台是迦南地，亞特魯向艾倫西亞大陸西邊約1400公里處的天險"迦南大渦"挑戰。但亞特魯在被大渦給吞入之後，到了迦南之地的海邊...。
遊戲典故，納皮施汀之匣的來源
三千年前古代蘇美王國有個國王叫做吉爾格梅施， 他因為追求永生的方法而聞名於世。有一天國王出外旅行，遇見了另一位國家的國王叫做烏納皮施汀，這位烏納皮施汀就是由神賜與永生的人物。
而他取得永生的來源是當很久之前眾神還居住在世界上的時候，主要的神祈有大護法恩里爾，蒼天之神阿奴，戰爭與性愛女神依秀塔兒和水神艾亞。因為人類繁衍了過多之後眾神因為人類的喧鬧而無法成眠，所以恩里爾決定發動洪水毀滅人類，於是他命令水神艾亞執行這個任務。但是水神艾亞因為賜與人類生活不可缺少的水，所以被稱為是人類的朋友，也被視為是人類的守護神，因此恩里爾這個決定讓他很苦惱。
所以水神艾亞走到了烏納皮施汀的家門口開始自言自語了起來，說要逃過大洪水應該要用房子建造長寬等比的方舟，並且把所有生物的種子都帶到方舟上才有可能生存下來，這些話都被烏納皮施汀聽到了，於是就照作了。
接著大雨來了下了六天六夜，引發了洪水，淹沒了全世界。只有烏納皮施汀的家人和方舟上的生物逃過了一劫，大護法恩里爾看到世界的慘狀對自己的決定感到不安，但是也無可奈何。
第七天後，終於暴風雨停歇露出了曙光，但是方舟外面已經全部都是一片汪洋，終於烏納皮施汀找到了一個山頂來讓船停靠。於是他放出了鳥出去看看是不是有世界上地方可以生活，前幾次鳥都飛了回來，終於最後終於放出烏鴉後他沒有回來，於是烏納皮施汀認為可以安全地上岸了，就在山頂灑下葡萄酒並且以藤枝杉木和月桂樹樹枝來祭拜神明。神明聞到了香味就聚集到了他的貢品前方，眾神感謝他對於保存生物和延續人類的努力，於是賜給他"永生"作為賞賜。
之後這個故事被吉爾格梅施國王刻在石版上，流傳到了到現在。其實從這個故事看得出來...納皮施汀之匣，就等於是挪亞方舟吧!!
(資料來源:上帝的指紋)
★故事介紹
在伊蘇1-5代中的舞台艾倫西亞大陸西邊約1400公里的地方有著一個巨大的海渦"迦南大渦"，從古早以前就不斷地吞噬想要往西方前進的船，是一個有如惡魔般的海域。海盜船托雷斯＝馬利斯號的船長拉多克從女兒緹拉那邊聽到了關於紅髮冒險家的亞特魯的消息，因此為了要得到財寶所以和亞特魯成為夥伴前去冒險。
正當迦南大渦近在眼前之時，托雷斯＝馬利斯號突然遭受了羅門帝國的火炮攻擊，亞特魯也被甩到海中捲入了大渦之中。當亞特魯醒來之後已經是在孤島的海邊，面對的是覆蓋著森林和遍佈遺跡的島嶼，以及不可思議的居民們。
消失在大海原彼端的有翼人以及遺跡中龐大的傳奇，循繞著大渦，亞特魯的冒險再次開始。
★角色介紹
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亞特魯＝克里斯汀(本站通用暱稱:阿豆魯XD)
赤髮的冒險者，和親友多奇一起搭上了海盜船托雷斯＝馬利斯號，前往海洋的另一端的迦南大渦那兒去冒險。 |
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奧兒荷
有著長耳朵和宛如動物一般尾巴的雷妲族的少女，救出了被大渦給吞入漂流到岸上的亞特魯，因為是個白肌膚的巫女，所以肩負著引導他們一族的使命。 |
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依 夏
奧兒荷的妹妹，也是具有白色肌膚的雷妲族少女，不知道為何對於漂流來的亞特魯抱持著恐懼的態度，每當想要接近她就會逃跑。雖然是相當地害羞，但是緊急的時候會作出相當大膽的行動。 |
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緹 拉
三年前在五代和亞特魯結識的少女。當年最後對亞特魯說"一定要等我變成一個好女人歐"，雖然年紀成長了，但是性格卻完全沒有變。 |
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多 奇
亞特魯的親友，原本是盜賊的浪人。因為重情重義而每每捲入事件當中。和亞特魯一起搭著海盜船前往迦南大渦。 |
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賈 許
持著巨大戰戟的有著傭兵氣息的男子，在亞特魯的冒險中不斷和他相遇，被他警告不要過分介入這裡的事情。 |
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拉多克船長
緹拉之父，海盜船托雷斯＝馬利斯號的船長，得之繞過迦南大渦的方法，從女兒那邊聽到亞特魯的消息，於是邀請亞特魯前往挑戰。他可以搶在在艾羅貝南部有著龐大勢力的羅門帝國船隊之前到達迦南大渦嗎? |
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歐 德
奧兒荷的伯父同時也是雷妲族的族長，有著如獅子一般的鬃毛，和具有無比力氣的戰士。
基本上他並不喜歡人類，於是對於漂流來的亞特魯態度很冷淡。 |
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拉 霸
亞特魯在達姆之塔認識的賽爾賽特來的學者，為了解開大渦之謎前往迦南群島，為了滿足好奇心而不顧自身危險的老人。 |
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烏 爾
歐德的孩子，罹患了從艾蕾西亞引入的傳染病時被拉霸治癒，因此對他感到崇拜而成為其弟子，好奇心也很強，一直想要前往到艾倫西亞大陸去。 |
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莉 葳
港都黎莫傑的剛石(エメラス)工房的女首領，因為是艾倫西亞人和雷妲族的混血兒，有也著尖耳朵。
有著對艾美拉斯的加工技術，可以將劍強化。 |
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巴斯拉摩
亞弗洛加大陸的商人，十年前漂流到了迦南群島之後。招攬人們有活力地建設了港都黎莫傑。
對利益算得很精但是骨子其實並不壞的人。 |
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阿格雷斯提督
羅門帝國的一個懷有野心的貴族軍人，夢想可以成為元老院的成員之一。被副官的艾倫斯特給唆使前往了迦南群島。 |
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艾倫斯特副官
作為阿格雷斯的副官，羅門帝國的青年士官，性格冷靜沉著並且有著優異的指揮能力。
下令包圍了亞特魯等人乘坐的海盜船托雷斯＝馬利斯號，並且他們趕入了迦南大渦中。 |
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紅色:月／黃色:賽拉／藍色:綺莎
出現在迦南各地的愛惡作劇小妖精，向是調皮小鬼一般的阻撓亞特魯，但是卻讓人憎恨不了他們，不知道接受誰的旨意行動...。 |
